兖矿集团对山东鲁南化肥厂的兼并为其靠自主知识产权走煤化工道路提供了契机。从1999年底开始，兖矿把鲁化作为发展煤化工产业、技术研发、人才培养的孵化器，坚持走自主创新、产学研结合的路子，先后拥有了煤炭气化液化、低温费托合成“煤制油”等具有自主知识产权的尖端核心技术，煤化工产业开始步入快速发展的轨道。

　　2005年5月1日，全国最大的高硫煤甲醇转化基地———兖矿集团国宏公司甲醇项目在孟子故里邹城开工建设。该项目一期工程生产甲醇50万吨，二期工程产能75万吨甲醇。项目以独特技术选择高硫煤为原料，每年可消耗高硫煤近100万吨，使兖矿及鲁西南限采的高硫煤变包袱为金囊，兖州煤田厚煤层矿井也因此全部延年益寿。据测算，山东推广大规模的高硫煤制甲醇生产技术，可使全省煤炭开采年限延长25年。

　　同年9月28日，兖矿集团年产50万吨合成氨项目奠基仪式在贵州开阳县举行。贵州省政府负责人表示，这是开阳煤化工(国家)生态工业示范基地的龙头项目，也是目前国内最大的单套合成氨项目，如果按照循环经济理念来解释，这也是全国惟一的“‘坑口磷铵’耦合”。50万吨合成氨项目的奠基，标志着兖矿在贵州做大做强的序幕已拉开。

　　接下来，年产20万吨醋酸和日处理1000吨煤新型气化炉及配套工程的兖矿国泰化工有限公司正式投产。该项目是兖矿投产的第一个新开发的煤化工项目，其生产工艺、技术达到国际一流水平。其中的“新型水煤浆气化技术”和“洁净煤气发电与甲醇联产关键技术”被国家科技部列入“863”计划，由兖矿集团自主研发，首次应用于我国大工业生产。项目对于生产原料———高硫煤的完全、安全使用，使“污染源”变成了“新资源”，还带来了蒽醌、硫磺、粗苯等煤化工下游产品。