如何使国家有限的科研经费发挥最大效益?设立国家自然科学基金，是实施科教兴国和人才强国战略的重要举措。为了促进基础研究，支持科学家自主探索自然科学规律，服务国家经济发展战略需求，提高企业自主创新能力。2007年2月24日，国务院总理温家宝签署第487号国务院令，公布《国家自然科学基金条例》(以下称《条例》)，自2007年4月1日起施行。

　　为了达到提升自主创新能力的目的，《条例》在总体思路上把握了以下几点：一是确保基金的使用效益，使获得资助的研究项目取得预期效果，既出成果又出人才。二是发挥专家在基金资助工作中的作用，让专家把学术关。三是发挥依托单位的作用，架设起基金管理机构与科研人员沟通的桥梁。四是完善工作程序，建立平等竞争、公开透明、民主决策、择优支持的基金资助机制。

　　《条例》还对如何确定基金资助项目作了四个方面规定：一是，基金管理机构应当根据国民经济和社会发展规划、科学技术发展规划、科学技术发展状况，明确优先发展的领域、优先支持的项目范围。二是，申请人以年度基金项目指南为基础确定研究项目、提出资助申请。三是，评审专家对基金资助申请从科学价值、创新性、社会影响、可行性等方面进行判断和评价，提出评审意见。四是，基金管理机构根据评审专家意见以及本《条例》规定，决定予以资助的研究项目。

　　为了使获得基金资助的研究项目得到有效实施，《条例》规定了五项制度：一是，项目计划书制度。二是，定期报告制度。三是，项目负责人变更核准制度。四是，依托单位责任制度。五是，抽查制度。

　　同时，《条例》还对科研人员申请基金资助应当具备的条件、申请的程序以及在基金申请与资助过程中弄虚作假的处罚等方面作了具体的规定。